A história se passa durante a jornada de Ash Ketchum, Misty e Tracey pelas Ilhas Laranja. Tudo começa quando uma série de distúrbios climáticos começa a afetar o mundo inteiro: tempestades violentas, oceanos agitados e um colapso ecológico iminente. A origem desses eventos está ligada ao desequilíbrio entre três lendários Pokémons: Moltres (fogo), Zapdos (elétrico) e Articuno (gelo), conhecidos como os Pássaros Lendários guardiões das ilhas do fogo, do trovão e do gelo, respectivamente.
Um colecionador de Pokémon extremamente rico e obsessivo chamado Lawrence III decide capturar os três pássaros lendários para atrair o Pokémon lendário Lugia, que, segundo uma antiga lenda, surgiria para restaurar o equilíbrio quando os três entrassem em conflito. Com sua aeronave futurista, ele captura Moltres primeiro, o que desequilibra os elementos e desperta Zapdos, que acaba sendo o próximo alvo. Com a captura dos dois, o desequilíbrio se intensifica e afeta todo o planeta, despertando também Articuno. O confronto entre os três se torna inevitável.
Enquanto isso, Ash e seus amigos chegam à Ilha Shamouti, onde são recebidos por seus habitantes durante um festival local baseado justamente na lenda dos pássaros e de um “escolhido” que deve restaurar a harmonia. A sacerdotisa local, Melody, inicialmente vê o festival como apenas um evento tradicional, mas à medida que as catástrofes naturais se intensificam, todos percebem que a lenda está se tornando realidade — e Ash é reconhecido como o “escolhido” que deve salvar o mundo.
Ash recebe a missão de coletar três esferas elementares localizadas em santuários nas ilhas dos três Pokémons lendários e levá-las ao Templo do Mar, onde o equilíbrio poderá ser restaurado. Com a ajuda de Misty, Tracey, Melody e até da Equipe Rocket (que, apesar de seus motivos egoístas, também percebe que o mundo está em risco), Ash viaja entre as ilhas em meio às batalhas dos pássaros e à ameaça da nave de Lawrence.
No clímax, os três Pokémons estão em confronto direto, causando caos. É nesse momento que Lugia desperta das profundezas do oceano, como prevê a lenda. Ele tenta conter os três, mas mesmo com todo seu poder, é ferido pela destruição e pelo desequilíbrio crescente. Lugia reconhece em Ash o “Escolhido” e o encoraja a cumprir sua missão antes que seja tarde demais.
Ash, com muito esforço, consegue reunir as três esferas e levá-las ao templo. Melody então toca uma melodia sagrada em sua ocarina, e a harmonia é restaurada. Os três pássaros retornam aos seus locais de origem e a paz volta a reinar. Lugia retorna às profundezas, satisfeito por a natureza ter sido restaurada.
Antes de partir, Lugia deixa Ash com a lição de que “o destino do mundo pode depender de apenas uma pessoa” — reforçando o título do filme: O Poder de Um.
Lawrence III, por sua vez, termina com sua nave destruída, refletindo sobre suas ações, mas ainda preservando a esperança de começar tudo de novo com os poucos itens que restaram.
O filme termina com Ash e seus amigos deixando a Ilha Shamouti, sem alarde, como heróis discretos que mais uma vez salvaram o mundo.
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